Năm 2006, tuy còn gặp nhiều khó khăn về mặt bằng trong công tác, do phải thi công xây dựng cơ sở 2 Bệnh viện Quận 1, nhưng Trung tâm Y tế Quận 1 vẫn tiếp tục duy trì, phát huy những thành tích đã đạt được trong năm 2005. Các họat động cũng như chỉ tiêu về công tác phòng chống dịch, tiêm chủng mở rộng và Y tế dự phòng đều đạt và vượt mức kế hoạch. Công tác khám và chữa bệnh luôn được Trung tâm quan tâm và đạt lên hàng đầu, thực hiện tốt 12 điều y đức, triển khai điều trị bằng kỹ thuật cao ( phẫu thuật đục thủy tinh thể bằng hệ thống vi phẫu thụât Phaco để đáp ứng nhu cầu khám chữa bệnh ngày càng cao của nhân dân trong, ngoài Quận).
Tổng số lượt khám trong năm là 1.707.168 ( chỉ tiêu 1000 000). Số lượt người nghèo được khám và chữa bệnh miễn phí là 3369 người. Tại Trạm y tế phường, có 8498 lượt bệnh nhân khám bệnh. Mổ đục thủy tinh thể miễn phí cho 64 người. Đưa phòng khám TT Tham vấn – Hỗ trợ cộng đồng và Phòng khám – điều trị ngoại trú cho bệnh nhân nhiễm HIV/AIDS vào hoạt động. Đã tham vấn cho 1706 lượt người và điều trị bằng thuốc đặc trị. Tham gia triển khai chương trình hồi gia với nhiều họat động như: Tiếp cận đối tượng, tham vấn trực tiếp, tổ chức sinh họat tại cộng đồng và gia đình, sinh hoạt nhóm, đề nghị cho 28 người vay vốn với số tiền 17 triệu đồng …
Trung tâm Y tế hiện đang tiếp tục thực hiện cải cách hành chánh, triển khai mạng công nghệ thông tin trong khám chữa bệnh. Phát số tự động , sắp xếp lại các khoa phòng: lập bảng hướng dẫn , bảng phân công nhiệm vụ. Bố trí nhân viên phát số thứ tự từ 6h30nbsp; hàng ngày để tránh ùn tắc, tích cực chống các hiện tượng tiêu cực gây phiền hà cho người bệnh. Tại Y tế cơ sở, được UBND Quận 1 hỗ trợ, Trạm Y tế P Cầu kho, Cầu Ông Lãnh được xây dựng mới. Trạm Y tế P Nguyễn Cư Trinh sữa chữa đạt diện tích theo tiêu chuẩn Quốc gia. Đến nay, đã có 7 phường đạt chuẩn quốc gia về y tế phường xã.
Năm 2007, TT Y tế tiếp tục thực hiện tốt phương châm “ Nhanh chóng, an toàn , hiệu quả và ân cần chăm sóc người bệnh như người nhà”. Lập đề án chuyển TT Y tế Quận thành TT Y tế dự phòng Quận ( 194 -195 Bến Chương Dương) và Bệnh viện Quận 1./.
